思想认识不到位，全员参与程度不高。主要表现为一些企业管理层及员工对体系建设意义认识不深刻，对体系文件理解不透彻，对体系运行监管不严格，致使政令不畅、执行不力，体系运行情况不佳，持续改进效果不太理想。
　　文件编写脱离实际，对工作指导作用不大。一些企业的体系文件框架虽然已构建起来，对工作流程、岗位职责、应急响应等环节进行了规范要求，但从体系运行效果来看，存有职责界定不具体、管理权限不清晰、规章制度可操作性不强等问题，导致标准文件执行效果不够理想，体系运行存在偏差，标准化、规范化管理水平较低。
内容更新不及时，缺乏动态管理意识。职业健康安全管理体系是自我监督、自我发现、自我完善的动态科学管理体系。企业只有根据实际，及时更新，才能确保体系得到持续改进。企业若缺乏动态管理意识，机械地更换日期而不变更内容，就会影响体系的运行质量。
　　对内审人员管理不到位，缺乏行之有效的激励机制。主要表现在一些企业的内审人员素质参差不齐，内审队伍不稳定，人员更换频繁，缺乏对内审工作的绩效考核，或考核内容不切实际，致使内审人员工作积极性不高。
推进职业健康安全管理体系持续有效运行的具体措施
    强化培训，提高认识，深入做好职业健康安全管理体系的宣传贯彻工作。一是加强全员体系文件培训。多年来，一些烟草企业已形成了固有的安全管理运行模式，员工也形成了惯性思维。在管理科学、理论严谨的职业健康安全管理体系面前，员工务必要转变观念，打破思维定式，消除疑虑，增强信心，全力推进体系的宣贯工作。同时，企业要通过体系内审、管理评审及外部监审的机会，加强体系实践培训，提高全员对体系的认识与理解。二是强化重点岗位人员专业技能培训。对与职业健康安全管理体系直接相关的岗位人员、特殊工种，如保管员、驾驶员、保安、电工等，要开展有针对性的培训。每次培训都要有详细的培训方案，严格按方案组织实施，并采取口试、笔试、实际操作等多种形式对培训效果进行检验，以达到提高重点岗位人员专业技能水平的目的。
    深入调研，精心策划，认真做好职业健康安全管理体系文件的日常管理工作。文件是保证体系有效运行、控制职业健康安全风险、持续改进体系绩效必不可少的依据，是体系运行的前提和基础。如果企业的管理体系文件不准确、不完善，则有可能造成体系运行失效，或使体系运行工作成本增加，影响体系的实施效果。因此，企业务必要把体系文件管理放在重要位置，认真做好日常管理工作。同时，企业要充分结合自身实际，对企业规模、危害因素、技术工艺、职工素质等进行科学细致的分析，建立易于执行、务实高效的文件体系构架。在体系框架建设中，企业决不能偏信咨询机构，好高骛远，务必要沉下心、躬下身，深入摸索，细化文件编订基础工作，强化文件修订评审工作，建立起一套简洁高效的管理体系文件。
    狠抓落实，强化监管，全面做好职业健康安全管理体系的运行控制。运行控制是组织按照体系目标、指标及有关程序控制管理体系运转的一种有效方式，它严格规定了体系运行与企业活动的行为标准，是企业消除隐患、避免事故、保证体系持续有效运行的关键。抓好体系运行管理，务必要有的放矢、突出重点，努力做好以下两点工作：
    一是做好危险源辨识、评价，强化风险控制。危险源是职业健康安全管理体系的核心，危险源辨识、评价是职业健康安全管理体系其他各要素的管理依据。企业首先要严格按照危险源辨识、风险评价工作程序，细化作业活动和场所。其次要确定各作业活动及场所的危险源。危险源辨识过程中，企业要坚持“横向到边、纵向到底、不留死角”的原则，辨识范围要覆盖组织设计、生产、销售的全过程，要考虑到作业场所中的所有人员、所有活动、所有设施。再次要对风险进行定性或定量评价，确定风险的危险、危害程度，制定控制措施。另外，要强化危险源的动态管理，做好危险源辨识与评价更新工作。
　　二是加大检查力度，认真落实整改，不断提高体系运行绩效。企业要通过检查、监督等管理手段，以及检测、检验等技术手段，对体系运行中的各种特性进行常规或非常规的监控。对于商业企业而言，要着重对卷烟仓库、配电室、打码间、车辆、锅炉等进行隐患排查，强化安全检查力度和频率，加强警卫管理，增加警卫数量、增设巡逻点位、增置警戒器具，使“人防”与“技防”紧密结合，确保企业各项经营活动安全运行。
    全面考核，绩效管理，认真抓好职业健康安全管理体系内审队伍建设。职业健康安全管理体系内审员是管理层与基层沟通的纽带，是体系持续运行的监管者，是第三方监督审核的联络员，在整个体系运行中起着关键作用。因此，提升体系内审员的综合素质，加强体系内审队伍建设，是确保体系持续有效运行的重要环节。企业要建立起一整套内审员培训计划与方案，使之深入理解体系文件，了解安全生产相关法律、法规，熟悉本单位的管理机制和安全管理基本情况，具备丰富的专业知识、过硬的管理技能和良好的沟通协调能力。同时，企业还要对内审员加强考核，实行绩效管理，从而激发内审员参与体系建设的热情，使其真正以优化体系管理为己任，促进企业综合管理水平不断提升。