交通部开展“打非治违”专项行动以来，突出强化关键责任，突出重点治理，组织了6个综合督查小组，指导各地区开展“打非治违”工作。广东、浙江、宁夏、河南等地的交通运输系统结合当地的行业实际，创新手段和方法。
　　国务院部署“打非治违”专项行动以来，交通运输系统结合交通运输行业实际，迅速成立领导小组，制定专项行动方案，细化落实责任，全面部署和开展“打非治违”专项行动。
　　强化关键责任 突出重点治理
　　2012年6月6日，交通部召开深入推进交通运输系统“打非治违”专项行动电视电话会议，冯正霖副部长对“打非治违”专项行动进行了再动员、再强调和再部署。冯正霖强调，在“打非治违”专项行动中，要强化三个“关键责任”，即：强化“一把手”责任的落实，强化“班组长”责任的落实，强化“一线员工”责任的落实，坚决把住“打非治违”第一道防线。还要突出交通领域“三个重点”的治理，包括道路客运安全监管、渡口渡船安全监管和危化品运输安全监管。交通部强调，“打非治违”专项行动要与日常安全监管相结合，与已有专项活动相结合，与长效机制的建立相结合，做到相互纳入、相互补充、相互促进，并突出重点领域和重点区域，实现各项工作整体推进，确保“打非治违”工作取得实效。
　　“四个一律” 惩前毖后
　　在确定了“打非治违”专项工作重点与部署的基础上，交通部提出了“四个一律”的原则，即:对非法生产经营建设和经停产整顿仍未达到要求的，一律关闭取缔；对非法生产经营建设的有关单位和责任人，一律按规定上限予以经济处罚；对存在非法生产经营建设的单位，一律责令停产整顿，并严格落实监管措施；对触犯法律的有关单位和人员，一律依法严格追究法律责任。遵照“四个一律”原则，交通部集中力量，加大力度，依法依规，从严查处一批非法违规从事交通运输生产经营建设的行为。同时，要按照“惩前毖后，治病救人”的原则，做到教育引导与严厉打击并重、行业监管与群防群治并重，重点突破与综合治理并重。要坚持文明执法，规范执法，将“打非治违”工作重心落实到基层。在“打非治违”中，交通部强调要注重调动和发挥一线执法人员的积极性，充分依靠群众监督力量，对违法违章行为发现一起，严格处理一起，教育一起。高度重视事关人民群众切身利益的问题，注重工作方式方法，切实维护好行业和社会的稳定。
　　综合督查 构建长效机制
　　根据《交通运输系统集中开展“打非治违”专项行动方案》和《交通运输系统继续深入扎实开展“安全生产年”活动方案》部署，交通运输部安委办印发了《关于开展交通运输安全生产督查工作的通知》，要求在7月中旬至8月上旬，交通运输部开展交通运输安全生产综合督查工作。
　　督查组分为6个小组，分别由交通部安全总监、水运局、道路运输司、质监局和安监司带队，成员由全国15个省厅安全监督处负责人组成，总体人数近40人。本次督查的地域范围涵盖了辽宁、山东、浙江、福建、广东、广西等12个省、自治区，主要督查内容是各区域开展“打非治违”专项行动情况，并检查交通运输管理部门和企业两个主体责任的落实情况及隐患排查情况，指导各地的交通运输安全生产和应急“双基”建设。
　　在督查行动中，督察组要求各区域持续坚决打击交通运输领域安全生产存在的非法违规 “顽疾”，做到打击和预防相结合，治标和治本相结合，集中行动与长效治理相结合，积极探索、及时总结非法违规现象的阶段性、周期性的规律，构建“打非治违”工作长效机制。
　　百花齐放 “打非治违”创新招
　　在交通部的动员部署下，广东、浙江等地的交通运输系统结合当地的行业实际，将“打非治违”专项行动与各地区的日常安全监管相结合，开创了多种多样的新型执法方式，取得了很好的效果。
　　针对近期辖区进入多雨洪水季节，个别船舶为了省油耗不按规定线路航行、违章追越等行为有所增长的态势，广东海事局创新方法手段，借助闭路电视视频监控系统实施远程执法。海事局指挥中心结合辖区实际，在重点水域通过闭路电视视频监控系统设电子关卡，加大视频监控力度。对发现存在违法行为的船舶，海事局通过VHF(特高频无线电)、AIS(传播自动识别系统)、签证系统等设备获取违章船舶的联系方式，通知其责任人备齐证书按指定时间前来执法大队，请责任人观看其船舶违法行为的视频录像，确认违法违规行为,并要求相关责任人配合调查处理。面对着监视器中的不可辩驳的证据，违章责任人纷纷认错，并积极配合工作，接受处罚，主动改正。通过探索借助信息技术实施远程执法，广东海事局有效打击了船舶违章违法行为。
　　浙江省交通运输厅强化安全带的正确安装与使用，在事故发生时能够极大程度地保护驾驶者的生命安全。浙江省交通厅通过严密细致的调查与摸底，发现很多事故的发生都与安全带安装不正确或是不按规定使用有关。为了提高安全带的安装率和使用率，浙江省交通运输厅在辖区内集中开展了“安全带——生命带”专项宣传活动，以最大限度的降低道路交通事故的伤亡人数。浙江省交通运输主管部门要求，对一二三类班线、包车客运车辆未按规定安装、使用安全带的，新增车辆一律不配发道路运输证，旅游包车不得发放省际包车牌。道路客运企业、客运站场相关人员要提醒司乘人员在客运车辆出站前、上高速公路前、服务区休息发车前系好安全带，并配合公安部门加大对客运车辆安装、使用安全带情况的检查力度，严肃查处驾驶员不系安全带的违法行为。开展“安全带——生命带”活动以来，浙江省运输车辆的安全带正确安装率与使用率都得到了大幅度的提升，真正为驾驶者系紧了“生命带”。
　　宁夏回族自治区交通运输厅根据交通部关于“打非治违”专项行动的有关部署，结合地区特点，制定了“疏堵结合、标本兼治、综合治理、依法监管”的“打非治违”原则，对全区客运市场非法违法经营行为进行全面的规范整治。在集中整治行动中，交通运输厅大力动员广大市民的参与积极性，广泛听取群众意见，针对群众投诉多、社会反映强烈的非法营运行为，进行了深入的摸底调查。在掌握了充分的执法依据之后，交通部门与相关部门加强沟通协作，与公安、城管、工商等部门建立执法联动机制，制定详细的整治工作方案，在汽车站、火车站、机场、宾馆、商业区、城乡结合部等重点地区的非法营运现象集中的区域，采取集中打击和暗访取证相结合的措施，有计划、有组织地开展整治工作。截至2012年8月，宁夏各级道路运输机构共出动执法车辆2138辆次，出动执法人员6871人次，检查车辆7308辆，暂扣车辆730辆，处理非法违法营运车辆593辆，有效净化了全区客运市场环境，维护了道路运输市场运营秩序，促进了安全生产形势的持续稳定好转。
　　河南省交通运输厅在国务院安委办召开了“打非治违”第二阶段动员部署视频会议后，结合督导工作，对全省交通运输行业“打非治违”工作进行了动员部署。为了避免“打非治违”专项行动图形式、走过场，省厅成立了专门的领导组织，实行领导分工包片、分阶段督导检查的制度，组织了8个督导组，由厅领导和公路局、运输局、航运局等单位领导带队，采取明查和暗访相结合的方式，深入到各市督导，重点检查“打非治违”工作的宣传贯彻和组织实施情况。为确保专项工作长效展开，省厅把“打非治违”同年度重点工作和行业文明创建结合起来，开展“道路客运安全年”活动的总体部署，结合“打非治违”和河南省道路运输安全形势，明确了“道路客运安全年”活动具体的工作目标和要求，保证“打非治违”行动不图形式、不走过场。
　　经过交通部门全行业的努力，一些重点领域和区域的非法违规行为初步得到了遏制，取得了阶段性成效。据初步统计，各级交通运输部门共组织执法力量6.7余万人次，督促指导企业3.2万余家，检查客运站3100余个，营运客车5.7万多辆，营运货车8.3万余辆，渡口1900余个，客船渡船等3 500多艘，处罚非法违规行为1.2万余起，排查、治理各类安全生产隐患23.9万余项。