违章指挥不但普遍存在于企业的生产经营之中，而且严重干扰和影响着企业的安全管理，随时导致生产安全事故发生，殃及一线员工的生命安全。所以，对违章指挥的危害性，我们必须保持清醒的认识和高度的警惕，决不能等闲视之，麻木不仁。

一、违章指挥的潜伏性危害。从安全系统工程的角度去分析事故，表面情况下看似一线员工违章作业，实则是生产指挥、调度、组织层面人员违章指挥造成的。因为违章指挥往往不是直接违章，不易被人注意，特别是违章指挥实施时不易被发现。因此，当具体操作、施工的人员因违章事故而被追究时违章指挥的指挥、调度、组织人员往往容易逃脱应该被追究的责。如果从安全系统工程的角度进行深层次分析，还会发现许多事故表面上看是一线员工违章作业，本质原因往往是企业生产指挥、调度、组织层面人员的违章指挥。这种违章指挥具有很大的潜伏性，具体表现在以下方面：一是生产人员的组合不合理，生产过程中混乱，因而导致安全隐患潜伏于整个生产过程之中，随时导致生产安全事故发生；二是生产设备、场地与生产人员的配置不科学，生产人员在生产过程中容易错误地使用设备、场地，导致生产事故发生；三是对生产人员的使用性错误，比如让因心态不佳、技术不良、责任心缺乏的人员去干最需要责任心、精湛技术以及心态平稳的人员去干的活，最终导致生产安全事故发生；四是让生产人员在设备安全装置、安全设施不完善或不标准，或设备超负荷情况下进行生产，最后导致生产安全事故发生；五是盲目追求生产进度，只求生产效益，不管生产人员人身安全。如此等等的潜伏性原因，常常是生产指挥、调度、组织层面人员违章指挥留下的隐患。这种潜伏性违章指挥，最难发现，而且危害性极大，是企业安全生产必须防范的重要环节。

二、违章指挥的复发性危害。违章指挥既具有很强的潜伏性，更具有十分顽固的复发性。这种顽固的复发性的产生，主要是心理定势的支配和违章指挥潜伏性的掩护作用两大方面的原因。违章指挥的复发性，首先在于违章指挥的习惯性形成。如果企业生产的指挥、调度、组织人员对按章指挥的重要性和必要性认识失误，同时又缺乏认真负责的岗位职业道德；如果违章指挥造成事故而又没有受到必要的惩罚，或者违章指挥侥幸地没发生事故，势必产生违章指挥不会有什么问题的心理定势。这种心理定势一旦形成，企业生产的指挥、调度、组织人员长期受到这种心理定势的支配，养成违章指挥习惯，从而导致违章指挥的习惯性复发。这种心理定势支配下的违章指挥习惯性复发现象，不仅极难克服，而且危害极大。其次，违章指挥的潜伏性对违章指挥具有很大的掩护作用。企业生产过程中，指挥、调度、组织人员的违章指挥因潜伏性而不易被发现，可以逃脱监督、指责、批评甚或处罚，从而对违章指挥起到一种很有效的掩护作用。这种掩护作用，可以让应该被制止的违章指挥行为在生产过程中愈演愈烈，增大违章指挥一再复发的可能，体现出极强的复发性。

三、违章指挥的辐射性危害。违章指挥的危害性，不仅仅在于某一次违章指挥对生产管理活动的破坏，更在于违章指挥具有很强的辐射性，多层次地让企业生产管理产生严重的负面效应。由于违章指挥是发生于企业生产领导层的行为，任何一个生产指挥、调度、组织人员都有可能具有这种行为。在企业生产领导层的各个层次中，级别越高的管理者违章指挥的负面效应就越大。一个项目经理的违章指挥行为，无疑是下一层的主管、班组长最好的“榜样”。 项目经理违章指挥一旦不受到处罚，手下的主管即会认为违章指挥是被允许的，就会将生产过程中的违章指挥行为不当作一回事；主管可以任意而为，不注重安全生产，班组长同样可以效法行事；班组长如果面对违章行为听之任之，自然可以潜移默化至手下所有的员工，促使违章操作行为漫延泛滥，甚或将违章操作当作工作经验。