饲料质量的好坏直接关系到动物养殖业的发展，关系到动物产品的质量和安全。近年来，由于经济利益的驱动，一些企业或个人在饲料的生产、经营和养殖等各个环节，违法添加违禁药物，违规添加药物或使用不合格的饲料原料，给动物养殖带来损失的同时，也给动物产品的质量带来了隐患。
影响饲料安全的因素包括人为因素和自然因素两个方面。人为因素主要指为达到某种目的(如促进养殖动物生长或预防病害)，人为地往饲料中添加某些有害药物。自然因素主要指由于自然的化学因素或工农业造成的环境污染而使饲料原料带有有害物质，也包括原料中天然存在的有害物质。
一.人为因素
1.1滥用违禁药物或不按规定使用药物添加剂 。
我国农业部于2001年9月发布了《饲料药物添加剂使用规范》，规定了33种饲料药物添加剂的适用动物、用法与用量、休药期、注意事项等，以及24种不能添加到饲料中使用的饲料药物添加剂。2002年2月农业部、卫生部、国家药品监督管理局联合发布公告，发布了《禁止在饲料和动物饮用水中使用的药物品种目录》，共5大类40种。强调严禁在饲料中添加未经农业部批准使用的饲料药物添加剂。但在实际生产中，有些饲料厂不按规定执行，仍在使用一些已禁用的饲料药物添加剂。动物养殖过分依赖抗生素等药物，产生了许多问题，如动物饲用抗生素后导致药物残留，引起耐药菌株扩散，对动物、人和生态环境造成严重危害，引起动物菌群失调，抑制动物的免疫力，继发二次感染。同时使用的大量药物通过食物链被人体吸收，产生致癌、致畸形、致突变。
1.2过量添加微量元素 。
从营养学角度考虑，动物对微量元素的需求是必需的，但非常有限，饲料中如果添加的微量元素超出允许添加范围就有可能导致动物中毒或身体不适。个别饲料生产企业为迎合养殖场(户)对家畜外观上的喜欢，把微量元素按常量元素进行添加。比如在猪饲料中超量添加微量元素铜，目的是让猪的粪便干燥、颜色发黑，长期饲喂含高铜的饲料，铜就会在猪肉中大量沉淀。人类如果食用了含有高铜的猪肉，就会影响健康，而没有被猪吸收的铜还会通过粪便的排泄污染环境。饲料中过量铜锌的使用，可以引起养殖动物中毒。而且，大量铜锌随粪便排出，严重污染了环境。砷化物在肠道中具有抗生素作用，能促进增重和改进饲料利用率，同时砷也是一种必需元素，因此饲料生产厂家也使用砷制剂。然而，砷的吸收率低，通过粪尿排放到农田、河流，严重污染环境，同时，它们还富集在动植物中，特别是水生生物(鱼类、贝类)中，最后转移到人类食物链中，危害人类健康。
1.3饲料加工过程中产生的毒物及交叉污染 .
采用先进的炙加工设备，科学地控制好加工工艺参数，能破坏饲料中的有毒有害物质，减少营养物质的损失，提高饲料品质。但若工艺条件控制不当，饲料中复杂的添加物在粉碎、输送、混合、制粒、膨化的加工过程中，矿物元素、氨基酸、维生素等有机物会发生降解，矿物元素之间由于氧化-还原反应等形成了一系列复杂的化合物，这一方面降低了饲料中有效成分的效价，另一方面又产生了有害物质引起污染。
二.自然因素
　　2.1饲料中虫害、螨害与鼠害
　　2.1.1虫害：饲料在贮藏过程中常受到虫害的侵蚀，造成营养成分的损失或毒素的产生。常见的虫害有：玉米象、谷象、米象、大谷盗、锯谷盗等。它们不仅害饼，使其损失高达 5-10 ％，而且还以粪便、结网、身体脱落的皮屑、怪味及携带微生物等多种途径污染饲料，有些昆虫还能分泌毒素，给畜禽带来危害。
　　2.1.2螨害：在温度适宜、湿度较大的地区螨类对饲料的危害较大。因螨类喜欢在阴暗潮湿的环境下寄生，它的大量存在加剧了饲料中碳水化合物的新陈代谢，形成二氧化碳和水，使能值降低、水分增加，导致饲料发热霉变、适口性差、动物的生长性能下降。
　　2.1.3鼠害：鼠的危害不仅在于它们吃掉大量的饲料，而且会咬死雏禽、仔禽、仔猪，造成饲料的污染，对饲料厂包装物、电器设备及建筑物产生危害，引发动物和人类疾病的传播。
　　2.2饲料中的微生物污染
　　2.2.1霉菌：目前已发现可产生霉菌素的霉菌有 100 多种，其中能导致使人畜中毒的主要有：曲霉菌属、青霉菌属和镰刀菌属等。霉菌可以通过适当的干燥或添加防霉剂进行控制，一旦霉菌素产生就很难去除。目前虽有一些物理、化学或生物法脱毒，但常因工序繁杂或费用较高均难以在生产中应用。
　　2.2.2霉菌毒素：较常风的霉菌毒素有黄曲霉素、玉米赤毒素、玉米赤霉烯酮和单端孢霉菌毒素，其中黄曲霉毒素毒性最强。
　　a、黄曲霉毒素：易受黄曲霉毒素污染的有玉米、棉籽、花生及其饼粕。动物摄食了被黄曲霉毒素污染的均表现出很强的细胞毒性、致突变性和致癌性。其中以雏鸭最为敏感，其次为仔猪、雏鸡、种猪、种鸡等。黄曲霉毒素属肝脏毒素，以引起动物的急性肝炎、肝细胞瘤有肝癌、血凝不良、机体免疫机能下降为主要特征。对于成年动物，是耐受性较强些，但仍会抑制生长、降低饲料利用畜、导致毒素在畜禽产品中残留。
　　b 、玉米赤霉烯酮：易受玉米赤霉烯酮污染的饲料主要有：玉米、小麦、大麦、高粱、燕寿等。它主要由镰刀菌产生，可引起畜禽发生雌性激素亢进，猪最为敏感，可使母猪阴道红肿、发情延迟或发情，影响公猪的精子开成和性欲。
　　c 、单端孢霉菌素： T-2 毒素和呕吐毒素等单端孢霉菌素存在于玉米、小麦、大麦、黑麦及燕麦中。主要由在线镰孢霉产生。该类毒素的靶器官是肝和肾，属于组织刺激因了和致炎物质直接损伤皮肤和粘膜。主要影响畜禽采食、使其生长减慢、呕吐、血痢、严重的皮炎、出血、饲料利用率降低。
　　d 、沙门氏菌：是细菌中危害最大的人畜共患病原微生物，为有鞭毛的杆状细菌。易受沙门氏菌污染的饲料为鱼粉、肉骨粉、羽毛粉等。在我国对畜禽威胁较大的沙门氏菌病为猪霍乱、牛肠炎、鸡白痢等。
　　2.3饲料中的抗营养因子
2.3.1饲料中的抗营养因子主要有：蛋白酶抑制因子、碳水化合物抑制因子、矿物元素生物有效性掏因子、颉抗维生素作用因子、刺激动物免疫系统作用因子等。它们的存在干扰了饲料中养分的消化、吸收利用。
2.3.2饲料抗营养因子副作用豆饼胰蛋白酶抑制因子、血降低胰蛋白酶、糜蛋白酶活活性、；增加胰酶分泌、使细胞凝集素、抗蛋白胰腺肥大（鸡）肠壁损伤、增加内源蛋白分泌损伤、影响生长、死亡花生饼黄曲霉毒素、抗胰蛋折酶降低饲料的营养价值、影响生长、导致畜禽慢性中毒棉籽饼游离棉酚、环丙烯脂肪酸影响赖氨酸及矿物元素的有效性、改变鸡卵黄膜的通透性，导致蛋白变红、变褐、产蛋畜下降菜籽饼噁唑烷硫酮瘀、异硫氰酸酯影响碘利用、适口性和生长速度、引起甲状腺肿大和损伤；酯单宁、腈刺激粘膜，导致下痢芝麻饼植酸、草酸干扰矿物元素的生物有效性，形成蛋白复合物羽扇豆生物碱影响口性、生长麦类及其加阿拉伯木聚糖， B- 葡聚排水状和粘稠粪便，阻碍养分和消化酶扩散，随低饲料工副产物糖及其它非纤维素多糖能值、影响脂肪和氨基酸的消化率。导致生长速度和饲料转化率下降。
　　2.4饲料中的有毒有害化学物质
　　2.4.1农药污染：近年来，有机氯、有机磷农药造成饲料污染并危害畜禽健康的事件时有发生，有的到了严重危害人类健康的。这些物质中，除有机磷在田间分解较快外，大都在自然界稳定性较高，不易分解。如六六六、 DTY ，这两种农药虽于 1987 年就已停止生产，但由于它们的使用已有 30 年、 DDT 需 4-30 年才能分解消失，因而仍需引起我们的高度重视。
　　2.4.2工业“三废”的污染：工业“三废”能从多渠道渗透到饲料中，常见的有：砷、铅、汞、镉、铬、 3 ， 4- 苯、 N- 亚硝基化合物、氰化物、氟化物等。生产中 Hg1 ， Cd10 ， As50 ， Pd30 ， Cr300 （鸡）， Mo500 。若长期饲用受工业“三废”的饲料，其体内将富集大量的有害物质，引起致癌、致畸、致突变，并通过肉、蛋、奶等转移给人类，造成公害。
　　2.4.3营养性矿物质添加剂带来的污染： Ca 、 P 、 Cu 、 Fe 、 Mn 、 I 、 Se 、 Co 之间既互相协同又相互制约，它们的不足，过量或相互比例不平衡，均可造成畜禽生长发育不良或中毒。如饲料中的 Ca 、 P 比例不平衡或维生素 D 缺乏，会引起畜禽软骨病或骨质疏松症，蛋壳质量下降；高 Ca 阻碍 Zn 的吸收；高 Cu 引起 Fe 、 Zn 缺乏，使仔猪生长减慢、发育不良、血红蛋白下降、甚至死亡； Se 用量少，安全系数仅 50 倍左右，若超量添加就是一种剧毒物质；食盐既是畜禽的必需营养物质，又是调味剂，当添加过量或虽未过量，但因混合不匀，造成局部过量，雏鸡、小猪吃了都易中毒；长期饲喂未经胶氟处理的磷酸氢钙或过磷酸钙，会导致氟中毒，而氟中毒会干扰 Ca 、 P 的吸收。
　　2.5饲料中非营养性添加剂带来的污染
　　随着饲料工业的发展，饲料添加剂的种类和数量越来越多，尤其是抗生素、激素、抗氧化剂、防霉剂和镇静剂的使用对预防疾病、提高饲料利用率和生长速度起着巨大的作用，但若不严格遵守使用原则，控制使用对象、安全用量及停药时间，就会使药物及其代谢产物在肉、蛋、奶中残留，并通过畜禽的排泄物污染环境。
　　在配合饲料中添加抗生素可促进畜禽生长，提高饲料转化率，预防畜禽疾病，增进动物的健康状况等，具有明显的经济效益。 Krjider 指出抗生素添加剂可获得 5-8 倍的赢利。但是，长期使用某种抗生素可使某些疾病原菌突变成抗生菌，引起抗药性问题。另外，还存在畜禽产品中药物残留问题，如链霉素降解作用很低，四环素的降解产物甚至比四环素具有更强的溶血或肝毒作用。砷制剂作为动物生长促进剂，短期内可抑制肠道有害微生物和寄生虫加速机体同化作用，促进蛋白质合成，改善皮营养，提高饲养效率，但是长期使用砷制剂将中枢神经系统失调，脑病和视神经萎缩的发病率升高。
　　饲料工业发达的国家都制定了抗生素等添加剂的用法用量规定。我国农业部于 1989 年元月颁布了《首批饲料药物添加剂品种及使用规定》，提出了可在配合饲料中添加的药物品种、畜禽对象、年龄上限、最高和最低用量、停止使用期以及使用的注意事项，还规定了一些药物添加剂不能同时使用。因此，在饲料中添加抗生素等添加剂，须严格按规定进行。
2.6 转基因饲料原料引发的食品安全性问题
这是一个目前还存在广泛争议、没有定论的问题，但它确实应该引起足够的重视，比如用转基因原料生产出来的饲料饲养动物是否会产生遗传污染；这样的动物性食品是否与非转基因食品“实质等同”，有无显著差异；转基因食品在某些情况下是否会产生过敏；对生态安全性的影响怎样等。