第一章  总  则
第一条  为加强农产品质量安全监管专项经费管理，提高资金使用效益，根据《 中央本级项目支出预算管理办法》（财预〔2007〕38号）要求，制定本办法。
第二条  本办法所指农产品质量安全监管专项经费是指中央财政在农业部部门预算中安排的用于确保农产品（包括农业投入品）质量安全的专项业务经费。
第三条  农产品质量安全监管专项经费实行项目管理，由农业部组织实施，项目承担单位具体实施。根据农业部部门职能，农产品质量安全监管专项经费中可安排资金，用于购买地方及非预算单位相关服务。
第二章  资金使用方向
第四条  农产品质量安全监管专项经费主要支持农产品（包括农业投入品）质量安全监测、认证、调查、监督抽查、农资市场整顿、风险评估与预警、应急处置、官方评议、宣传与培训等。主要包括：
（一）农产品质量安全监管。开展农产品质量安全例行监测、监督抽查和风险监测，无公害农产品、绿色食品和有机食品监测，监测结果分析汇总会商；农产品质量安全调查与评价，风险评估与预警；农产品市场准入准出和农产品质量安全追溯；农产品质量安全执法监督及应急处置；农产品质量安全宣传培训等。
（二）农业投入品质量安全监管。开展种子（包括种畜禽、水产种苗）、农药、饲料、兽药等农业投入品质量监测、信息监测、安全性监测与评价、风险评估与预警分析，监督抽查、农资打假，农资市场整顿；违法案件查处、生产企业监督检查、行政许可审核、数据统计分析等。
（三）农业转基因生物安全监管。对转基因生物研究与试验、生产与加工等关键环节及南繁基地等重点地区进行执法监管；开展种子、农产品及加工品转基因成分例行检测及特定品种专项溯源检测；开展转基因生物生态环境安全长期监测；开展转基因中间试验备案及环境释放、生产性试验及进口等审批工作；开展转基因发展战略、管理制度、技术规范研究及风险分析，建立和维护转基因安全监管数据库；开展转基因国际合作、科普宣传、突发事件应对等。
（四）农产品质量安全制度建设。制定并推行农产品（包括农业投入品）质量安全相关法律法规、技术规范、管理制度等，并加强与其相关的各项宣传培训及推广工作。
（五）其他涉及农产品（包括农业投入品）质量安全的调查分析、数据汇总、政策研究、宣传培训、项目管理、跟踪评价等工作。
第五条  农产品质量安全监管专项经费用于农产品（包括农业投入品）质量安全监管工作所需各项费用支出，主要包括农产品（包括农业投入品）检验检测费、试验验证费、小型仪器设备购置费、技术咨询费、委托业务费、会议宣传培训费、其他费用支出等。
第三章  申报与实施
第六条  农业部根据农产品质量安全监管工作需要和预算规模，组织提出下一年度项目工作计划，确定项目承担单位和下达年度项目计划，年度项目计划内容包括年度目标、任务计划、经费测算安排等。
第七条  项目承担单位根据年度项目计划，制定实施方案，内容包括工作目标、人员安排、实施步骤、资金测算等，经省级主管部门审核后报送农业部；农业部所属单位、全国性科研教学单位及学会（协会）、其他有关单位直接报农业部。
第八条  农业部审核评定项目承担单位的实施方案，审核通过后下达项目资金。
第九条  项目承担单位要严格执行核定的实施方案，不得擅自变更。
第四章  管理与监督
第十条  农业部农产品质量安全监管局、种植业管理司、种子管理局、畜牧业司、兽医局、渔业局、农垦局等有关司局分别具体负责项目的组织实施和监督检查；农业部财务司负责专项资金的预算管理，并对项目实施过程中的资金使用情况进行监督。
第十一条  项目承担单位要建立项目资金的明细账，确保专款专用。建立完整的项目管理档案。
第十二条  项目承担单位应将本年度项目执行的总结报告于12月底前经省级农业主管部门审核后报送农业部。农业部直属单位和其他非预算单位直接将本年度项目执行的总结报告报送农业部。
第十三条  项目承担单位应定期组织自查，农业部进行重点抽查。项目实施结束后，农业部开展项目总结。
第十四条  省级农业主管部门要做好对项目承担单位的组织、指导、监督、检查工作，做好与其他有关部门的协调工作，提高资金使用效率。
第十五条  对提供虚假材料，擅自变更实施方案，或截留、挤占、挪用项目资金的，一经发现，将依照有关法律法规严肃查处。
第五章  附  则
第十六条  农产品质量安全应急监测处置经费管理按照《农业部应急经费管理办法（试行）》（农办财〔2008〕123号）执行。
第十七条  本办法由农业部负责解释。
第十八条  本办法自发布之日起执行。2002年 8月 16日农业部发布的《无公害农产品质量安全监测专项资金项目管理办法》（农财发〔2002〕28号）同时作废。